É sabido que o Sonic 3, encaixado no cartucho de Sonic&Knuckles, é a versão completa planejada inicalmente, mas que não foi executada de uma vez só por falta de tempo para finalizar tudo. Assim, os dois jogos foram lançados separadamente, num intervalo de seis meses.

No entanto, a Sega começou a produzir uma versão especial: Sonic 3 Limited Edition tinha a intenção de unir os dois jogos em um cartucho de 24 megabit, numa opção que sairia mais em conta do que comprar Sonic 3 e o Sonic & Knuckles separadamente.

No entanto, o projeto nunca foi concluído, tendo sido cancelado perto de finalizá-lo. O que restou foi um protótipo com vários bugs, sem acabamento.

Uma das principais diferenças entre essa edição limitada e o S3&Knuckles está na música. No caso da Limited Edition, as músicas dos chefes, o tema de Knuckles e do Bonus Stage são todas aproveitadas do Sonic 3.E, uma novidade: a música dos créditos iniciais é um medley totalmente novo que inclui os temas das fases do Sonic 3 junto com S&K. Vale lembrar que, na versão Lock-On, a música dos créditos finais só possui jingles das fases do Sonic&Knuckles

Dá pra ver que faltou terminar a música, já que várias transições de uma música para outra são pouco suaves. Além disso, é um pouco longo demais. Mas vale pela curiosidade, ainda mais que nos faz pensar como seria um medley para o final do Sonic 3 avulso, ao invés daquela canção semelhante à Stranger in Moscow!